跨省异地就医和省内异地就医可以直接结算的都只是符合条件的住院费用，门诊、工伤、生育等情形暂时无法实现异地结算。但市局提醒参保人注意，跨省异地就医与省内异地就医在有些方面存在差异。
此外，深圳市社保局还提醒，目前异地就医平台可以直接结算的只有符合条件的住院费用。参保人未按规定办理转诊、备案手续，在异地就医平台联网结算机构门诊发生的医疗费用，经参保人申请，由市社会保险机构对实际发生的医疗费用进行审核，按不高于本市医疗收费标准予以报销，医疗保险基金不予支付，但属于个人账户支付范围的，在个人账户余额中扣减。
跨省异地就医平台（国家平台）和省内异地就医平台（省平台）建立的目的均为实现异地就医费用直接结算，避免参保人垫付大额医疗费用，往来就医地和参保地办理繁琐的报销手续。目前来说，可以直接结算的都只是符合条件的住院费用，如果是门诊、工伤、生育等情形，暂时无法实现异地结算。
跨省异地就医与省内异地就医直接结算不同点：
1.就医凭证：跨省异地就医直接结算必须持有符合跨省异地就医规范的社会保障卡。对在深圳参保的人员来说，指的是金融社保卡。而省平台因上线较早，为兼容多地市的不同情况，目前对就医凭证没有严格要求，社保卡，身份证（儿童可提供户口簿）均可就医，但已在考虑逐步统一就医凭证。
2.人员范围及备案手续：人社部规定，跨省异地就医直接结算需满足转诊或备案的条件，并提前办理了相关的手续方可在就医地医疗机构刷卡结算住院费用。省内异地就医方面，深圳允许自行就医的参保人在异地定点医疗机构住院费用直接结算，不限定就诊人员范围。
3.待遇问题：跨省异地就医直接结算执行就医地支付范围及有关规定（基本医疗保险药品目录、医疗服务设施和诊疗项目范围），而医保基金起付标准、支付比例、最高支付限额等执行参保地。这可能会使跨省直接结算享受的待遇和自费申请审核报销的待遇存在差异。而省内异地就医执行的是参保地的待遇，原则上与同等条件下自费申请报销的待遇相同。
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