成立初期，公积金中心在参考国内其他兄弟城市住房公积金业务管理模式的基础上，强化公积金中心在住房公积金业务办理中的主导作用，充分利用归集银行等金融网点资源，确立了“中心主导、银行代办”的业务办理模式，即：中心自主研发系统，委托银行在中心系统上办理业务。银行不掌握明细账，一般业务均由银行委托代办，涉及风险较大或相对复杂的业务由中心管理部办理。
这种模式，既可以有效规避“大委托”模式下数据不能及时传递、账户管理和资金调度受制于银行、资金在途时间长、利息损失大的缺点，又可以充分利用中心自主的信息系统，减小“小委托”模式下机构庞大、编制人数多的弊端，利用银行的业务网点扩大住房公积金缴存覆盖面，达到效益最大化。正是通过这种创新的业务管理模式，深圳公积金中心迅速将住房公积金服务网点由公积金中心3个管理部延伸至遍布全市的几百个银行网点，推动缴存、提取、贷款三大业务实现跨越式发展，业务指标短时间内跃居全国前列。
截至目前，深圳公积金中心合作的委托银行包括7家归集银行和10家贷款银行。7家归集银行共有360多家网点、700余名柜员在办理住房公积金缴存、提取业务；10家贷款银行共约480多家网点，从事贷款业务各岗位的操作柜员3400多名。